上海中医药大学是我国中西医结合医学的发源地之一，首批获得硕、博士学位授予权，1998年设立博士后流动站。中西医结合学科在第四轮学科评估中获评A+，为教育部一流本科专业，拥有国家中医临床研究基地、教育部工程研究中心等支撑平台。学科汇聚了以王大增、邵长荣、匡调元、赵伟康、严振国等为代表的老一辈中西医结合专家和教育家，在中医体质分类、肾本质研究、穴位断层解剖等领域取得多项原创性成果。拥有一批具有国际竞争力和影响力的高层次人才和研究团队，保障了学科建设的可持续高质量发展。
学科方向与优势特色：学科聚焦中西医结合防治重大疑难疾病、传统中医理论的科学内涵、中西医结合的关键科学问题等研究方向。采用前沿科学理论和技术方法，坚持学科交叉，中西医汇聚，探索中医学对生命规律的独特认识，提高中西医协同防治重大疑难疾病的临床疗效。在藏象理论的生物学基础、中西医结合防治恶性肿瘤、糖尿病、老年性疾病等重大疑难疾病领域优势明显，创立的针药复合麻醉和神经康复新技术新方法特色鲜明。
近五年学科承担国家重点研发计划、重大科技专项8项，国家自然科学基金项目149项（其中重点项目4 项），研究成果在CNS子刊等国际著名期刊发表。获国家科技进步奖1项，教育部科研成果奖2项，上海市科技进步奖4项。主编、副主编统编教材36部，获国家教学成果奖1项。
人才培养目标：落实立德树人根本任务，坚持中西医并重、传承与创新并举，着力培养以扎实的中医药理论和实践能力为主体，以宽广的现代科学、医学知识和创新思维为一翼，较深厚的中医药传统文化底蕴为另一翼的中西医结合创新型人才。
生源情况：学科吸引了来自包括港澳台在内的全国各地学生，其中26%的研究生来自复旦大学、上海交通大学、中山大学等双一流建设高校。
国内外影响：学科拥有岳阳中西医结合医院、上海市中西医结合医院、光华中西医结合医院等临床基地，提供优质中西医结合医疗服务。附属岳阳中西医结合医院在国家卫健委三级公立医院绩效考核中连续两次排名第一。联合上海交通大学医学院成立国内首家中西医汇聚创新研究院，强强联手，立足解决重大疑难疾病防治中的关键问题，推动生命科学领域原始创新。学科专家担任国务院学位委员会学科评议组、国家教指委成员，担任国际中医药规范化研究协会主席、中华医学会副会长、中华中医药学会二级分会主委等重要学术职务。多人担任国际学术组织成员和国际重要学术期刊编委。我校自然指数排名中医药院校第一。作为主要支撑学科—生物学与生物化学学科进入ESI 全球前1%行列。