中西医结合学院成立于2023年，与中西医结合研究院合署办公。其前身为中西医结合研究院、教学实验中心和拥有60余年历史的基础部/基础医学院。学院坚持以教育、科技、人才“三位一体”为发展理念，拥有一大批高水平的中西医结合学科人才和优秀师资，产出了一批具有国内外影响力的高水平科研成果。中西医结合学科在教育部学科评估中获得A+，为教育部一流本科专业建设点。学院以立德树人为根本，秉承“中西合璧，汇聚创新”的院训，加强学科交叉和国际合作，保障育人成效，积极建设成为我国中西医结合高水平教育教学和拔尖人才培养高地。
中西结合学院由7个教研室、1个公共教学实验平台和3个研究中心组成，学院共有教职员工115人，博士学位获得者占比72%，高级职称占比60%，其中博士生导师29人、硕士生导师60人。此外，博士后研究人员9人，其中师资博后2人、项目博后2人、在职博后5人。拥有教育部全国优秀教师、教育部课程思政教学名师、青年岐黄学者、全国宝钢优秀教师、上海高校特聘教授（东方学者）、上海市优秀学术带头人、上海市科技启明星、上海市浦江人才等优秀师资。拥有我校第三批学术荣誉体系首席教授1位、讲席教授2位和特聘教授2位。学院共有两个本科专业：中医学专业（5+3一体化汇聚创新班 ）和中西医临床医学专业（五年制）。