中西医结合学院成立于2023年，与中西医结合研究院合署办公。其前身为拥有60余年历史的基础部/基础医学院、教学实验中心和中西医结合研究院。学院由7个教研室、1个公共教学实验平台和4个研究中心组成，共有教职员工115人，其中博士学位获得者占比72%，高级职称占比60%，博士生导师29人、硕士生导师60人。
学院坚持以教育、科技、人才“三位一体”为发展理念，拥有一批高水平的中西医结合学科人才，包括教育部全国优秀教师、教育部课程思政教学名师、青年岐黄学者、全国宝钢优秀教师、上海市优秀学术带头人、上海高校特聘教授（东方学者）、上海市东方英才拔尖人才、上海市科技启明星、上海市浦江人才、校学术荣誉体系等优秀师资。
学院共有两个本科专业：中西医临床医学专业（五年制）和中医学专业（5+3一体化汇聚创新班），为教育部一流本科专业建设点。主要培养中西医结合基础专业硕士和博士研究生。
学院是我校中西医结合学科的主要依托和建设单位，在教育部第四轮和第五轮学科评估中均获得A+，被列入冲击“双一流”重点培育学科行动计划。
学院主要研究方向包括中西医结合心血管、肿瘤、脑病和疫病等，拥有国家中医药管理局高水平中医药重点学科交叉创新类学科、国家中医药管理局三级实验室、国家中医药管理局重点学科、中西医汇聚创新研究院、中意中医药联合研究院等研究平台。承担国家级课题30余项，在Nature Nanotechnology、Nature Cancer、Journal of Hepatology、Circulation Research 、Cellular ＆ Molecular Immunology等高水平杂志发表多篇学术论文，产出了一批具有国内外影响力的高水平科研成果。
学院坚持以立德树人为根本，秉承“中西合璧，汇聚创新”的院训，探索中西医结合拔尖人才育人模式，开展有组织的科研，加强学科交叉和国际合作，积极建设成为我国中西医结合人才培养高地和科技创新示范基地。